bio-read-qc-adapter-trimming

核心说明

• CLI：cutadapt - ADAPTER -o out.fq in.fq 或 trimmomatic PE ，支持 ILLUMINACLIP。
• CLI：fastp -i in.fq -o out.fq (auto-detects adapters)。
• Remove sequencing adapters ，面向 reads ，使用 Cutadapt (precise，flexible) 或 Trimmomatic (paired-end optimized)。
• Trim adapters ，面向 reads" → Remove sequencing adapter sequences ，面向 FASTQ reads to prevent adapter contamination in downstream alignment. CLI：cutadapt - ADAPTER -o out.fq in.fq 或 trimmomatic PE ，支持 ILLUMINACLIP CLI：fastp -i in.fq -o out.fq (auto-detects adapters)。
• cutadapt - AGATCGGAAGAGC -o trimmed.fastq.gz sample.fastq.gz。