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文献综述
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bio-read-qc-contamination-screening
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-read-qc-contamination-screening：检测 sample contamination 、 cross-species reads ，使用 FastQ Screen。 Screen reads against multiple reference genomes to identify bacterial，viral，adapter，或 sample swap contamination。 适合在suspecting cross-contamination 或 working ，支持 samples prone to microbial contamination时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-read-qc-contamination-screening
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- CLI：fastq_screen --conf fastq_screen.conf reads.fq。
- Screen FASTQ files against multiple genomes to identify contamination sources ，使用 FastQ Screen。
- Check ，用于 contamination in sequencing data" → Align sample of reads against multiple reference genomes to identify cross-species 或 cross-sample contamination. CLI：fastq_screen --conf fastq_screen.conf reads.fq。
- fastq_screen sample.fastq.gz。
原始文档
SKILL.md 摘录
FastQ Screen Overview
FastQ Screen aligns a subset of reads against multiple reference genomes to identify:
- Cross-species contamination
- Bacterial/viral contamination
- Adapter sequences
- PhiX spike-in
- Sample swaps
Specify output directory
fastq_screen --outdir qc_results/ sample.fastq.gz
Custom config file
fastq_screen --conf my_screen.conf sample.fastq.gz
适用场景
- 适合在suspecting cross-contamination 或 working ，支持 samples prone to microbial contamination时使用。
不适用场景
- Do not treat this catalog entry as substitute ，用于 full upstream workflow。
上游相关技能
- quality-reports - FastQC shows overrepresented sequences
- adapter-trimming - Remove adapter contamination
- metagenomics/kraken-classification - Deeper taxonomic analysis
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