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文献综述
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bio-reference-operations
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-reference-operations：Download，index，、 manage reference genome FASTA files。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-reference-operations
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- 生成 consensus sequences 、 manage reference files ，使用 samtools。
- samtools consensus -f fasta input.bam -o consensus.fa。
原始文档
SKILL.md 摘录
samtools faidx - Index Reference FASTA
Create index for random access to reference sequences.
Create Index
samtools faidx reference.fa
## FAI File Format
Columns: name, length, offset, line bases, line width
适用场景
- Use bio-reference-operations ，用于 manuscript drafting 、 submission workflows。
- Apply bio-reference-operations when polishing research communication outputs。
不适用场景
- Do not treat this catalog entry as substitute ，用于 full upstream workflow。
上游相关技能
- sam-bam-basics - Reference required for CRAM
- alignment-indexing - faidx for reference access
- pileup-generation - Pileup for consensus building
- variant-calling - bcftools consensus from VCF
- sequence-io/read-sequences - Parse FASTA with Biopython
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