数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-reporting-jupyter-reports

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Create Jupyter notebook reports with reproducible analysis code.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-reporting-jupyter-reports🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitecreate

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-reporting-jupyter-reports

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

pm.execute_notebook( 'analysis_template.ipynb'，'output_report.ipynb'，parameters={ 'input_file'：'data/counts.csv'，'condition_col'：'treatment'，'fdr_threshold'：0.05 } )。
input_file = 'default.csv' output_dir = 'results/' fdr_threshold = 0.05。

原始文档

SKILL.md 摘录

Parameterized Notebooks

import papermill as pm

## Creating Parameterized Templates

Mark a cell with the `parameters` tag in Jupyter:

```python

## Single notebook

jupyter nbconvert --to html report.ipynb

适用场景

Use bio-reporting-jupyter-reports ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-reporting-jupyter-reports to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。