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bio-reporting-rmarkdown-reports

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

bio-reporting-rmarkdown-reports：Render Rmarkdown reports ，支持 integrated plots 、 statistics。

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-reporting-rmarkdown-reports🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suiterender

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-reporting-rmarkdown-reports

维护者
FreedomIntelligence
许可
MIT
最近更新
2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

  • rmarkdown：：render('report.Rmd'，params = list(sample_id = 'sample2'，fdr_threshold = 0.01))。
  • samples <- c('sample1'，'sample2'，'sample3') ，用于 (s in samples) { rmarkdown：：render('report.Rmd'，params = list(sample_id = s)，output_file = paste0(s，'_report.html')) }。

原始文档

SKILL.md 摘录

Setup Chunk

{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set( echo = TRUE, message = FALSE, warning = FALSE, fig.width = 10, fig.height = 6, fig.align = 'center' ) library(tidyverse) library(DESeq2) library(pheatmap) `

Code Chunk Options

{r analysis, echo=TRUE, results='hide'}

Parameterized Reports

{r} counts <- read.csv(params$count_file) sample <- params$sample_id fdr <- params$fdr_threshold `

适用场景

  • Use bio-reporting-rmarkdown-reports ，用于 统计检验 、 quantitative analysis。
  • Apply bio-reporting-rmarkdown-reports to research 数据集s that require rigorous inference。

不适用场景

  • Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

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