数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-rna-quantification-alignment-free-quant

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Pseudo-alignment quantification with Salmon or Kallisto.

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原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-rna-quantification-alignment-free-quant

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Quantify transcript abundance directly ，面向 FASTQ reads ，使用 pseudo-alignment (kallisto) 或 selective alignment (Salmon)。
salmon index -t transcripts.fa -i salmon_index。

原始文档

SKILL.md 摘录

First, create decoys from genome

grep "^>" genome.fa | cut -d " " -f 1 | sed 's/>//g' > decoys.txt cat transcripts.fa genome.fa > gentrome.fa salmon index -t gentrome.fa -d decoys.txt -i salmon_index -p 8


## Paired-end reads

salmon quant -i salmon_index -l A \
    -1 sample_R1.fastq.gz -2 sample_R2.fastq.gz \
    -o sample_quant -p 8

## Single-end reads

salmon quant -i salmon_index -l A \
    -r sample.fastq.gz \
    -o sample_quant -p 8

Key flags:

-l A - Automatically detect library type
-p - Number of threads
--validateMappings - More accurate (default in recent versions)
--gcBias - Correct for GC bias
--seqBias - Correct for sequence-specific bias

适用场景

Use bio-rna-quantification-alignment-free-quant ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-rna-quantification-alignment-free-quant to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。