数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-rna-quantification-count-matrix-qc

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

QC count matrices: library size, zero inflation, gene detection rates.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-rna-quantification-count-matrix-qc🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suiteqc

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-rna-quantification-count-matrix-qc

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Quality control 、 exploratory analysis of count matrices before differential expression。
dds <- DESeq数据集FromTximport(txi，colData = coldata，design = ~ condition)。

原始文档

SKILL.md 摘录

From count matrix

counts <- read.csv('count_matrix.csv', row.names = 1) coldata <- data.frame(condition = factor(c('ctrl', 'ctrl', 'treat', 'treat')), row.names = colnames(counts)) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = counts, colData = coldata, design = ~ condition)


## Genes detected per sample

colSums(counts(dds) > 0)

## Counts summary

summary(colSums(counts(dds)))

适用场景

Use bio-rna-quantification-count-matrix-qc ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-rna-quantification-count-matrix-qc to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。