SCI Skills

CN Directory
数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现
BI

bio-small-rna-seq-mirge3-analysis

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

miRNA annotation and quantification with miRge3.0.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-small-rna-seq-mirge3-analysis🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitemirna

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-small-rna-seq-mirge3-analysis

维护者
FreedomIntelligence
许可
MIT
最近更新
2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

  • miRge3.0 annotate \ -s sample1.fastq.gz，sample2.fastq.gz \ -lib miRge3_libs \ -on human \ -db mirbase \ -o output_dir \ - TGGAATTCTCGGGTGCCAAGG \ --threads 8。
  • miRge3.0 --download-库 human mirbase。

原始文档

SKILL.md 摘录

Enable isomiR analysis

miRge3.0 annotate
-s sample.fastq.gz
-lib miRge3_libs
-on human
-db mirbase
--isomir
-o output_dir

Detect A-to-I editing

miRge3.0 annotate
-s sample.fastq.gz
-lib miRge3_libs
-on human
-db mirbase
--AtoI
-o output_dir

Output Files

FileDescription
miR.Counts.csvRaw read counts per miRNA
miR.RPM.csvRPM normalized counts
isomiR.Counts.csvIsomiR-level counts
isomiR.summary.csvIsomiR summary per miRNA
annotation.report.htmlInteractive QC report

适用场景

  • Use bio-small-rna-seq-mirge3-analysis ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
  • Apply bio-small-rna-seq-mirge3-analysis to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。

不适用场景

  • Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

上游相关技能

  • smrna-preprocessing - Prepare reads for miRge3
  • mirdeep2-analysis - Alternative with novel miRNA discovery
  • differential-mirna - DE analysis of miRge3 counts

相关技能

相关技能

返回目录
AG
数据与复现生物信息与基因组学

agent-browser

Browse the web for any task — research topics, read articles, interact with web apps, fill forms, take screenshots, extr…

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
AL
数据与复现生物信息与基因组学

alpha-vantage

Access 20+ years of global financial data: equities, options, forex, crypto, commodities, economic indicators, and 50+ t…

Claude Code分析处理
K-Dense-AI/claude-scientific-skills查看
BI
数据与复现生物信息与基因组学

bio-alignment-filtering

Filter alignments by flag, quality, region, or paired status.

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
BI
数据与复现生物信息与基因组学

bio-alignment-indexing

Index BAM/CRAM files with samtools index for random access.

OpenClawNanoClaw分析处理
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看