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BI
bio-spatial-transcriptomics-spatial-visualization
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-spatial-transcriptomics-spatial-visualization：可视化 spatial transcriptomics data ，使用 Squidpy 、 Scanpy。 创建 tissue plots ，支持 gene expression，clusters，、 annotations overlaid on histology images。 适合在visualizing spatial expression patterns时使用。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-spatial-transcriptomics-spatial-visualization
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Python：squidpy.pl.spatial_scatter(adata，color='gene')，scanpy.pl.spatial(adata，color='leiden')。
- Plot gene expression on my tissue section" → Overlay gene expression，cluster assignments，或 continuous scores on spatial coordinates ，支持 optional histology image background. Python：squidpy.pl.spatial_scatter(adata，color='gene')，scanpy.pl.spatial(adata，color='leiden')。
- 创建 visualizations ，用于 spatial transcriptomics data。
- sq.pl.spatial_scatter(adata，color='total_counts'，size=1.3)。
原始文档
SKILL.md 摘录
Basic Spatial Plot
Goal: Create a spatial scatter plot with spots colored by a variable of interest.
Approach: Use Squidpy's spatial_scatter to overlay expression or metadata values on tissue coordinates.
## Multiple variables
sq.pl.spatial_scatter(adata, color=['total_counts', 'n_genes_by_counts'], ncols=2)
Scanpy's spatial plot
sc.pl.spatial(adata, color='leiden', spot_size=1.5)
适用场景
- 适合在visualizing spatial expression patterns时使用。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- spatial-data-io - Load spatial data
- spatial-statistics - Compute statistics to visualize
- single-cell/clustering - Generate cluster labels
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