数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-splicing-pipeline

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Alternative splicing analysis: rMATS → PSI → differential → sashimi.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-splicing-pipeline🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitealternative

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-splicing-pipeline

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Complete workflow ，面向 raw RNA-seq to differential splicing results。
fastp \ -i sample_R1.fastq.gz \ -I sample_R2.fastq.gz \ -o sample_clean_R1.fastq.gz \ -O sample_clean_R2.fastq.gz \ --detect_adapter_for_pe \ --thread 8 \ -h sample_fastp.html。

原始文档

SKILL.md 摘录

First pass to detect novel junctions

STAR
--runThreadN 8
--genomeDir star_index/
--readFilesIn sample_R1.fastq.gz sample_R2.fastq.gz
--readFilesCommand zcat
--outFileNamePrefix sample_pass1_
--outSAMtype BAM Unsorted
--outSJfilterOverhangMin 8 8 8 8
--alignSJDBoverhangMin 1

(Combine SJ.out.tab files from all samples)

cat *_SJ.out.tab > combined_SJ.out.tab

Second pass with combined junctions

STAR
--runThreadN 8
--genomeDir star_index/
--readFilesIn sample_R1.fastq.gz sample_R2.fastq.gz
--readFilesCommand zcat
--sjdbFileChrStartEnd combined_SJ.out.tab
--outFileNamePrefix sample_
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate
--outSJfilterOverhangMin 8 8 8 8
--alignSJDBoverhangMin 1
--quantMode GeneCounts