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bio-systems-biology-flux-balance-analysis

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Flux balance analysis (FBA) with COBRApy for metabolic network modeling.

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原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-systems-biology-flux-balance-analysis

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

model = cobra.io.load_model('textbook') # E. coli core (95 reactions) model = cobra.io.load_model('iJO1366') # Full E. coli (2583 reactions)。
model = cobra.io.read_sbml_model('model.xml') model = cobra.io.load_json_model('model.json')。

原始文档

SKILL.md 摘录

Basic FBA

import cobra

model = cobra.io.load_model('textbook')

## Run FBA (maximizes objective function, usually biomass)

solution = model.optimize()

## 0: No growth (lethal condition or missing nutrients)

print(f'Growth rate: {solution.objective_value:.4f} h^-1')
print(f'Status: {solution.status}')

适用场景

Use bio-systems-biology-flux-balance-analysis ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-systems-biology-flux-balance-analysis to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。