数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-systems-biology-gene-essentiality

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Predict essential genes by single gene knockouts in metabolic models.

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原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-systems-biology-gene-essentiality

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

deletion_results = single_gene_deletion(model)。
essential = deletion_results[deletion_results['growth'] < 0.01] print(f'Essential genes：{len(essential)}')。

原始文档

SKILL.md 摘录

Single Gene Knockouts

import cobra
from cobra.flux_analysis import single_gene_deletion

model = cobra.io.load_model('textbook')

## Synthetic Lethality

```python
from cobra.flux_analysis import double_gene_deletion

## Subset to genes of interest

genes_of_interest = [g.id for g in model.genes[:50]]

适用场景

Use bio-systems-biology-gene-essentiality ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-systems-biology-gene-essentiality to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。