数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-workflows-chipseq-pipeline

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

ChIP-seq: alignment → peak calling → motif analysis → annotation.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-workflows-chipseq-pipeline🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitechip

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-chipseq-pipeline

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Complete workflow ，面向 raw ChIP-seq FASTQ files to annotated peaks。
用于 sample in IP_rep1 IP_rep2 Input_rep1 Input_rep2；do fastp -i ${sample}_R1.fastq.gz -I ${sample}_R2.fastq.gz \ -o trimmed/${sample}_R1.fq.gz -O trimmed/${sample}_R2.fq.gz \ --detect_adapter_for_pe \ --qualified_quality_phred 20 \ --length_required 25 \ --html qc/${sample}_fastp.html done。

原始文档

SKILL.md 摘录

Build index (once)

bowtie2-build genome.fa bt2_index/genome

Align

for sample in IP_rep1 IP_rep2 Input_rep1 Input_rep2; do bowtie2 -p 8 -x bt2_index/genome
-1 trimmed/${sample}_R1.fq.gz
-2 trimmed/${sample}_R2.fq.gz
--no-mixed --no-discordant
--maxins 1000
2> aligned/${sample}.log |
samtools view -@ 4 -bS -q 30 - |
samtools sort -@ 4 -o aligned/${sample}.bam done


**QC Checkpoint:** Check alignment rate
- Overall alignment >80%
- Unique mapping >70%

## Narrow peaks (TFs, sharp histone marks like H3K4me3)

macs3 callpeak \
    -t aligned/IP_rep1.final.bam aligned/IP_rep2.final.bam \
    -c aligned/Input_rep1.final.bam aligned/Input_rep2.final.bam \
    -f BAMPE \
    -g hs \
    -n experiment \
    --outdir peaks \
    -q 0.01

适用场景

Use bio-workflows-chipseq-pipeline ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-workflows-chipseq-pipeline to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。