BG
数据与复现
bgpt-paper-search
bgpt-paper-search：BGPT是一个remote MCP server that searches curated database of scientific papers built ，面向 raw experimenta…
K-Dense-AI/claude-scientific-skills查看
数据与复现
BI
bio-workflows-expression-to-pathways
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-workflows-expression-to-pathways：End-to-end workflow ，面向 differential expression to GO/KEGG/Reactome enrichment 、 pathway visualization。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-expression-to-pathways
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Convert differential expression results into biological insights through functional enrichment analysis。
- res <- read.csv('deseq2_results.csv'，row.names = 1)。
原始文档
SKILL.md 摘录
From DESeq2 Results
library(DESeq2)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
## Significant genes for ORA
sig_genes <- rownames(subset(res, padj < 0.05 & abs(log2FoldChange) > 1))
## All genes for background
all_genes <- rownames(res)
适用场景
- Use bio-workflows-expression-to-pathways to prepare 论文级图表。
- Apply bio-workflows-expression-to-pathways when results need clear visual communication。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- pathway-analysis/go-enrichment - GO enrichment details
- pathway-analysis/kegg-pathways - KEGG analysis
- pathway-analysis/reactome-pathways - Reactome analysis
- pathway-analysis/gsea - GSEA methods
- pathway-analysis/enrichment-visualization - Visualization options
相关技能
相关技能
BI
bio-chipseq-visualization：可视化 ChIP-seq data ，使用 deepTools，Gviz，、 ChIPseeker。 创建 heatmaps，profile plots，、 genome browser…
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
BI
bio-consensus-sequences：生成 consensus FASTA sequences by applying VCF variants to reference ，使用 bcftools consensus。 适合在cr…
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
bio-copy-number-cnv-visualization：可视化 copy number profiles，segments，、 compare across samples。 创建 publication-quality plo…
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看