数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-workflows-genome-assembly-pipeline

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

De novo genome assembly: raw reads → assembly → QC → annotation.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-workflows-genome-assembly-pipeline🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitede

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-genome-assembly-pipeline

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Complete workflow ，面向 sequencing reads to polished，quality-assessed genome assembly。
spades.py \ -1 trimmed_R1.fq.gz \ -2 trimmed_R2.fq.gz \ -o spades_output \ --careful \ -t 16 \ -m 64。

原始文档

SKILL.md 摘录

For isolate genomes

spades.py --isolate
-1 trimmed_R1.fq.gz
-2 trimmed_R2.fq.gz
-o spades_output
-t 16


## Align reads to assembly

bwa index spades_output/scaffolds.fasta
bwa mem -t 16 spades_output/scaffolds.fasta \
    trimmed_R1.fq.gz trimmed_R2.fq.gz | \
    samtools sort -@ 4 -o aligned.bam
samtools index aligned.bam

## Polish

pilon --genome spades_output/scaffolds.fasta \
    --frags aligned.bam \
    --output polished \
    --threads 16

适用场景

Use bio-workflows-genome-assembly-pipeline ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-workflows-genome-assembly-pipeline to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。