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bio-workflows-imc-pipeline

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

bio-workflows-imc-pipeline：Imaging mass cytometry：分割 → phenotyping → spatial analysis。

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-workflows-imc-pipeline🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suiteimaging

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-imc-pipeline

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

steinbock preprocess imc \ --mcd data/*.mcd \ --panel panel.csv \ --output raw/。
steinbock preprocess imc hotpixel \ --input raw/ \ --output img/ \ --threshold 50。

原始文档

SKILL.md 摘录

Create nuclear and membrane channels

steinbock preprocess mosaic
--input img/
--channels panel.csv
--output mosaics/


## Using Cellpose

steinbock segment cellpose \
    --input img/ \
    --panel panel.csv \
    --channel DNA1 DNA2 \
    --output masks/ \
    --diameter 20

## Alternative: Using Mesmer

steinbock segment mesmer \
    --input img/ \
    --panel panel.csv \
    --nuclear DNA1 DNA2 \
    --membrane CD45 \
    --output masks/

适用场景

Use bio-workflows-imc-pipeline ，用于 GIS 、 remote-sensing workflows。
Apply bio-workflows-imc-pipeline to earth observation 、 spatial analysis tasks。

不适用场景

Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

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