数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-workflows-longread-sv-pipeline

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Long-read structural variant calling and annotation pipeline.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-workflows-longread-sv-pipeline🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitelong

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-longread-sv-pipeline

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Complete workflow ，用于 detecting structural variants ，面向 ONT 或 PacBio long-read data。
NanoPlot --fastq reads.fastq.gz \ --outdir nanoplot_output \ --threads 8。

原始文档

SKILL.md 摘录

ONT reads

minimap2 -ax map-ont
-t 16
--MD
-Y
reference.fa
reads.fastq.gz |
samtools sort -@ 4 -o aligned.bam

samtools index aligned.bam

PacBio HiFi

minimap2 -ax map-hifi
-t 16
--MD
-Y
reference.fa
reads.fastq.gz |
samtools sort -@ 4 -o aligned.bam

PacBio CLR

minimap2 -ax map-pb
-t 16
--MD
-Y
reference.fa
reads.fastq.gz |
samtools sort -@ 4 -o aligned.bam bash samtools flagstat aligned.bam samtools depth -a aligned.bam | awk '{sum+=$3} END {print "Average coverage:",sum/NR}'

- Mapping rate >90%
- Average coverage >10x for SV calling (>20x preferred)

适用场景

Use bio-workflows-longread-sv-pipeline ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-workflows-longread-sv-pipeline to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。