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数据与复现
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bio-workflows-metabolic-modeling-pipeline
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-workflows-metabolic-modeling-pipeline：Metabolic model reconstruction → FBA → 模拟 → visualization。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-metabolic-modeling-pipeline
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Complete workflow ，用于 genome-scale metabolic modeling：，面向 protein sequences to flux predictions 、 phenotype analysis。
- carve genome.faa -o model_draft.xml。
原始文档
SKILL.md 摘录
Prerequisites
Required data:
- Protein FASTA file from genome annotation
- BiGG universal model (downloaded by CarveMe)
With gram type specification (improves biomass composition)
carve genome.faa -o model_draft.xml --gram-neg
Gap-fill for specific media
carve genome.faa -o model_draft.xml --gram-neg --gapfill M9 python import cobra
model = cobra.io.read_sbml_model('model_draft.xml') print(f'Model: {model.id}') print(f'Reactions: {len(model.reactions)}') print(f'Metabolites: {len(model.metabolites)}') print(f'Genes: {len(model.genes)}')
适用场景
- Use bio-workflows-metabolic-modeling-pipeline to prepare 论文级图表。
- Apply bio-workflows-metabolic-modeling-pipeline when results need clear visual communication。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- systems-biology/metabolic-reconstruction - CarveMe, gapseq details
- systems-biology/model-curation - Memote, gap-filling
- systems-biology/flux-balance-analysis - FBA, FVA, pFBA
- systems-biology/gene-essentiality - Single/double knockouts
- systems-biology/context-specific-models - Tissue-specific models
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