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BI
bio-workflows-metabolomics-pipeline
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bio-workflows-metabolomics-pipeline：LC-MS/GC-MS：preprocessing → annotation → 统计分析。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-metabolomics-pipeline
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- mzml_files <- list.files('data/'，pattern = '\\.mzML$'，full.names = TRUE) sample_data <- read.csv('sample_metadata.csv')。
- raw_data <- readMSData(mzml_files，mode = 'onDisk')。
- pData(raw_data) <- sample_data。
- cat('Loaded'，length(mzml_files)，'samples\n')。
原始文档
SKILL.md 摘录
Complete R Workflow
library(xcms)
library(MSnbase)
library(MetaboAnalystR)
library(ggplot2)
## === 2. PEAK DETECTION ===
cwp <- CentWaveParam(
peakwidth = c(5, 30),
ppm = 25,
snthresh = 10,
prefilter = c(3, 1000),
mzdiff = 0.01,
noise = 1000
)
xdata <- findChromPeaks(raw_data, param = cwp)
cat('Detected', nrow(chromPeaks(xdata)), 'peaks\n')
## === 3. RETENTION TIME ALIGNMENT ===
xdata <- adjustRtime(xdata, param = ObiwarpParam(binSize = 0.6))
cat('Aligned retention times\n')
适用场景
- Use bio-workflows-metabolomics-pipeline ，用于 统计检验 、 quantitative analysis。
- Apply bio-workflows-metabolomics-pipeline to research 数据集s that require rigorous inference。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- metabolomics/xcms-preprocessing - XCMS parameters
- metabolomics/metabolite-annotation - Compound identification
- metabolomics/normalization-qc - QC and normalization methods
- metabolomics/statistical-analysis - Statistical testing
- metabolomics/pathway-mapping - KEGG/MetaboAnalyst
- metabolomics/lipidomics - Lipid-specific analysis
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