数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-workflows-methylation-pipeline

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

WGBS/RRBS: bismark alignment → methylation calling → DMR detection.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-workflows-methylation-pipeline🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitewgbs

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-methylation-pipeline

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Complete workflow ，面向 bisulfite sequencing FASTQ to differentially methylated regions。
trim_galore --paired --fastqc \ -o trimmed/ \ sample_R1.fastq.gz sample_R2.fastq.gz。

原始文档

SKILL.md 摘录

Or fastp with conservative settings

fastp -i sample_R1.fastq.gz -I sample_R2.fastq.gz
-o trimmed/sample_R1.fq.gz -O trimmed/sample_R2.fq.gz
--detect_adapter_for_pe
--qualified_quality_phred 20
--length_required 35
--html qc/sample_fastp.html


## Prepare genome (once)

bismark_genome_preparation --bowtie2 genome/

## Align

bismark --genome genome/ \
    -1 trimmed/sample_R1_val_1.fq.gz \
    -2 trimmed/sample_R2_val_2.fq.gz \
    -o aligned/ \
    --parallel 4 \
    --temp_dir tmp/

适用场景

Use bio-workflows-methylation-pipeline ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-workflows-methylation-pipeline to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。