数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-workflows-outbreak-pipeline

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Pathogen genomics: assembly → typing → phylodynamics → transmission.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-workflows-outbreak-pipeline🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitepathogen

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-outbreak-pipeline

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Complete workflow ，用于 genomic epidemiology：，面向 pathogen isolates to transmission networks 、 outbreak characterization。
Rscript -e "install.packages('TransPhylo')。

原始文档

SKILL.md 摘录

Prerequisites

conda install -c bioconda mlst abricate snippy iqtree fasttree

pip install treetime transphylo biopython pandas matplotlib

## Step 1a: MLST Typing (Parallel)

```bash
#!/bin/bash
ISOLATES="isolate1.fasta isolate2.fasta isolate3.fasta"
OUTDIR="outbreak_results"
mkdir -p ${OUTDIR}/{mlst,amr,alignment,phylo,transmission}

## Run MLST on all isolates

echo "=== MLST Typing ==="
for fasta in $ISOLATES; do
    sample=$(basename $fasta .fasta)
    mlst $fasta > ${OUTDIR}/mlst/${sample}.mlst.txt
done

适用场景

Use bio-workflows-outbreak-pipeline ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-workflows-outbreak-pipeline to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。