数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-workflows-riboseq-pipeline

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Ribo-seq: footprint alignment → periodicity → ORF detection.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-workflows-riboseq-pipeline🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suiteribo

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-riboseq-pipeline

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

cutadapt - CTGTAGGCACCATCAAT \ --minimum-length 25 --maximum-length 35 \ -o trimmed.fastq.gz reads.fastq.gz。
bowtie2 -x rRNA_index --un non_rrna.fastq.gz -U trimmed.fastq.gz。

原始文档

SKILL.md 摘录

Align to transcriptome

STAR --genomeDir star_index
--readFilesIn non_rrna.fastq.gz
--readFilesCommand zcat
--outFilterMismatchNmax 2
--alignEndsType EndToEnd
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate


## Step 3: P-site Calibration

```python
from plastid import BAMGenomeArray

## Build metagene profile

metagene_generate annotation.gtf ribo.bam metagene_output/

适用场景

Use bio-workflows-riboseq-pipeline ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-workflows-riboseq-pipeline to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。