数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现

bio-workflows-spatial-pipeline

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

Spatial transcriptomics: alignment → deconvolution → domain detection.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验bio-workflows-spatial-pipeline🧠 bioos extended suitebioos extended bioinformatics suitespatial

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-spatial-pipeline

维护者: FreedomIntelligence
许可: MIT
最近更新: 2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

Complete workflow ，用于 analyzing Visium，Xenium，或 other spatial transcriptomics data。
adata = sq.read.visium('spaceranger_output/')。

原始文档

SKILL.md 摘录

Step 1: Load Data

import scanpy as sc
import squidpy as sq
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

## Or load from specific files

adata = sc.read_10x_h5('filtered_feature_bc_matrix.h5')
adata.uns['spatial'] = ...  # Add spatial info

## For Xenium

adata = sq.read.xenium('xenium_output/')

print(f'Loaded: {adata.n_obs} spots/cells, {adata.n_vars} genes')

适用场景

Use bio-workflows-spatial-pipeline ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
Apply bio-workflows-spatial-pipeline to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。