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BI
bio-workflows-tcr-pipeline
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
TCR/BCR: V(D)J alignment → clonotype → repertoire analysis.
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bio-workflows-tcr-pipeline
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- mixcr align -s hsa -p rna-seq \ R1.fastq.gz R2.fastq.gz \ aligned.vdjca。
- mixcr assemble aligned.vdjca clones.clns。
原始文档
SKILL.md 摘录
Export
mixcr exportClones clones.clns clones.txt
## Convert to VDJtools format
vdjtools Convert -S mixcr clones.txt vdjtools/
## Diversity metrics
vdjtools CalcDiversityStats vdjtools/clones.txt diversity/
适用场景
- Use bio-workflows-tcr-pipeline ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
- Apply bio-workflows-tcr-pipeline to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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- tcr-bcr-analysis/mixcr-analysis - Detailed MiXCR usage
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- tcr-bcr-analysis/repertoire-visualization - Plots
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