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bulk-rna-seq-deseq2-analysis-with-omicverse
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
bulk-rna-seq-deseq2-analysis-with-omicverse：Use this skill when user wants to reproduce DESeq2 workflow showcased in [`t_deseq2.ipynb`](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/t_deseq2.ipynb)。 It covers loading raw featureCounts matrices，mapping Ensembl IDs to symbols，running PyDESeq2 ，通过 `ov.bulk.pyDEG`，、 exploring downstream enrichment plots。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bulk-deseq2-analysis
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Use this skill when user wants to reproduce DESeq2 workflow showcased in t_deseq2.ipynb. It covers loading raw featureCounts matrices，mapping Ensembl IDs to symbols，running PyDESeq2 ，通过 ov.bulk.pyDEG，、 exploring downstream enrichment plots。
- Call import omicverse as ov 、 ov.utils.ov_plot_set() to standardise visuals。
- Read tab-separated count data ，面向 featureCounts ，使用 ov.utils.read(...，index_col=0，header=1)。
- Strip trailing.bam ，面向 column names ，支持 [c.split('/')[-1].replace('.bam'，'') ，用于 c in data.columns]。
- Ensure appropriate mapping pair exists by running ov.utils.download_geneid_annotation_pair()。
原始文档
SKILL.md 摘录
Examples
- "Run PyDESeq2 on treated vs control replicates and highlight the top enriched WikiPathways terms."
- "Filter DEGs to genes with log2(BaseMean) > 1, auto-select fold-change cutoffs, and create volcano and boxplots."
- "Generate the ranked gene list for GSEA and plot the enrichment curve for the top pathway."
适用场景
- Use bulk-rna-seq-deseq2-analysis-，支持-omicverse to prepare 论文级图表。
- Apply bulk-rna-seq-deseq2-analysis-，支持-omicverse when results need clear visual communication。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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