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string-protein-interaction-analysis-with-omicverse
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
string-protein-interaction-analysis-with-omicverse：Invoke this skill when user has list of genes 、 wants to explore STRING protein–protein interactions ，通过 omicverse。 workflow mirrors [`t_network.ipynb`](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/t_network.ipynb)，covering species selection，S TRING API queries，、 quick visualisation of resulting network。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/bulk-stringdb-ppi
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Invoke this skill when user has list of genes 、 wants to explore STRING protein–protein interactions ，通过 omicverse. workflow mirrors t_network.ipynb，covering species selection，S TRING API queries，、 quick visualisation of resulting network。
- Import omicverse as ov 、 call ov.utils.ov_plot_set() (或 ov.plot_set()) to match omicverse aesthetics。
- Accept curated list of gene symbols (gene_list = [...])。
- Encourage user to flag priority genes 或 categories so you can colour-code groups in plot。
- 构建 dictionaries mapping genes to types 、 colours，e.g. `gene_type_dict = dict(zip(gene_list，['Type1']5 + ['Type2']6。
原始文档
SKILL.md 摘录
Examples
- "Retrieve STRING interactions for FAA4 and plot the network highlighting two gene classes."
- "Download the STRING edge table for my Saccharomyces cerevisiae gene panel and colour nodes by module."
- "Extend the network by adding the top five predicted partners before plotting."
适用场景
- Use string-protein-interaction-analysis-，支持-omicverse to prepare 论文级图表。
- Apply string-protein-interaction-analysis-，支持-omicverse when results need clear visual communication。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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