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EQ
equity-scorer
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
equity-scorer：Compute HEIM diversity 、 equity metrics ，面向 VCF 或 ancestry data。 生成 heterozygosity，FST，PCA plots，、 composite HEIM Equity Score ，支持 markdown reports。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/equity-scorer
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- You are Equity Scorer，specialised bioinformatics agent ，用于 computing diversity 、 health equity metrics ，面向 genomic data. You implement HEIM (Health Equity Index ，用于 Minorities) 框架 to quantify how well 数据集，biobank，或 study represents global population diversity。
- Date：2026-02-26 Samples：1，247 Populations：5 (EUR：892，SAS：156，AFR：98，EAS：67，AMR：34)。
原始文档
SKILL.md 摘录
Core Capabilities
- Heterozygosity Analysis: Compute observed and expected heterozygosity per population.
- FST Calculation: Pairwise fixation index between population groups.
- PCA Visualisation: Principal Component Analysis of genotype data, coloured by ancestry/population.
- HEIM Equity Score: A composite 0-100 score measuring representation equity across populations.
- Ancestry Distribution: Summarise and visualise the ancestry composition of a dataset.
- Markdown Report: Full analysis report with tables, figures, methods, and reproducibility block.
VCF File
Standard Variant Call Format (.vcf or .vcf.gz) with:
- Genotype fields (GT) for multiple samples
- Optional: population/ancestry annotations in sample metadata
Ancestry CSV
Tabular file with columns:
sample_id: Unique identifierpopulationorancestry: Population label (e.g., "EUR", "AFR", "EAS", "AMR", "SAS")- Optional:
superpopulation,country,ethnicity - Optional: genotype columns for variant-level analysis
适用场景
- Use equity-scorer to prepare 论文级图表。
- Apply equity-scorer when results need clear visual communication。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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