CE
cellular-senescence-agent：Cellular senescence analysis：marker scoring，SASP profiling，tissue aging assessment。
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流程自动化
NE
Neuropixels-Analysis
维护者 K-Dense Inc. · 最近更新 2026年4月1日
Neuropixels-Analysis：Comprehensive 工具包 ，用于 analy。
原始来源
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/neuropixels-analysis
- 维护者
- K-Dense Inc.
- 许可
- MIT license
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Comprehensive 工具包 ，用于 analyzing Neuropixels high-density neural recordings ，使用 current best practices ，面向 SpikeInterface，Allen Institute，、 International Brain Laboratory (IBL). Supports full workflow ，面向 raw data to publication-ready curated units。
- job_kwargs = dict(n_jobs=-1，chunk_duration='1s'，progress_bar=True)。
原始文档
SKILL.md 摘录
When to Use This Skill
This skill should be used when:
- Working with Neuropixels recordings (.ap.bin, .lf.bin, .meta files)
- Loading data from SpikeGLX, Open Ephys, or NWB formats
- Preprocessing neural recordings (filtering, CAR, bad channel detection)
- Detecting and correcting motion/drift in recordings
- Running spike sorting (Kilosort4, SpykingCircus2, Mountainsort5)
- Computing quality metrics (SNR, ISI violations, presence ratio)
- Curating units using Allen/IBL criteria
- Creating visualizations of neural data
- Exporting results to Phy or NWB
Supported Hardware & Formats
| Probe | Electrodes | Channels | Notes |
|---|---|---|---|
| Neuropixels 1.0 | 960 | 384 | Requires phase_shift correction |
| Neuropixels 2.0 (single) | 1280 | 384 | Denser geometry |
| Neuropixels 2.0 (4-shank) | 5120 | 384 | Multi-region recording |
| Format | Extension | Reader |
|---|---|---|
| SpikeGLX | .ap.bin, .lf.bin, .meta | si.read_spikeglx() |
| Open Ephys | .continuous, .oebin | si.read_openephys() |
| NWB | .nwb | si.read_nwb() |
Basic Import and Setup
import spikeinterface.full as si
import neuropixels_analysis as npa
适用场景
- Working ，支持 Neuropixels recordings (.ap.bin，.lf.bin，.meta files)。
- Loading data ，面向 SpikeGLX，Open Ephys，或 NWB formats。
- Preprocessing neural recordings (filtering，CAR，bad channel detection)。
- Detecting 、 correcting motion/drift in recordings。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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