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数据与复现
NG
ngs-analysis
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
Next-generation sequencing data analysis orchestration and QC.
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/ngs-analysis
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- conda install -c bioconda sra-tools。
- prefetch SRR12345678 fastq-dump --split-files --gzip SRR12345678。
原始文档
SKILL.md 摘录
Parallel download with fasterq-dump
fasterq-dump --split-files -e 8 SRR12345678 gzip SRR12345678_*.fastq
## MultiQC aggregation
multiqc fastqc_output/ -o multiqc_report/
## Trimming with fastp
fastp -i R1.fastq.gz -I R2.fastq.gz \
-o R1_trimmed.fastq.gz -O R2_trimmed.fastq.gz \
--detect_adapter_for_pe --thread 8 \
--html fastp_report.html
适用场景
- Use ngs-analysis ，用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
- Apply ngs-analysis to sequencing，variant，或 omics analysis tasks。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
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