BI
写作与投稿
bio-alignment-io
bio-alignment-io：Read，write，、 convert multiple sequence alignment files ，使用 Biopython Bio.AlignIO。 支持 Clustal，PHYLIP，Sto…
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
写作与投稿
PY
pysam
维护者 K-Dense Inc. · 最近更新 2026年4月1日
pysam：Pysam是一个Python module ，用于 reading，manipulating，、 writing genomic 数据集s。 Read/write SAM/BAM/CRAM alignment files，VCF/BCF variant files，、 FASTA/FASTQ sequences ，支持 Pythonic interface to htslib。
原始来源
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pysam
- 维护者
- K-Dense Inc.
- 许可
- MIT license
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- Pysam是一个Python module ，用于 reading，manipulating，、 writing genomic 数据集s. Read/write SAM/BAM/CRAM alignment files，VCF/BCF variant files，、 FASTA/FASTQ sequences ，支持 Pythonic interface to htslib. Query tabix-indexed files，perform pileup analysis ，用于 coverage，、 execute samtools/bcftools commands。
- samfile = pysam.AlignmentFile("example.bam"，"rb") ，用于 read in samfile.fetch("chr1"，1000，2000)：print(f"{read.query_name}：{read.reference_start}") samfile.close() python。
原始文档
SKILL.md 摘录
When to Use This Skill
This skill should be used when:
- Working with sequencing alignment files (BAM/CRAM)
- Analyzing genetic variants (VCF/BCF)
- Extracting reference sequences or gene regions
- Processing raw sequencing data (FASTQ)
- Calculating coverage or read depth
- Implementing bioinformatics analysis pipelines
- Quality control of sequencing data
- Variant calling and annotation workflows
Basic Examples
Read alignment file:
import pysam
## Open VCF file and iterate variants
vcf = pysam.VariantFile("variants.vcf")
for variant in vcf:
print(f"{variant.chrom}:{variant.pos} {variant.ref}>{variant.alts}")
vcf.close()
python
适用场景
- Working ，支持 sequencing alignment files (BAM/CRAM)。
不适用场景
- Do not treat this catalog entry as substitute ，用于 full upstream workflow。
相关技能
相关技能
FL
写作与投稿
FlowIO
FlowIO是一个lightweight Python 库 ，用于 reading 、 writing Flow Cytometry Standard (FCS) files。 解析 FCS metadata，extract event d…
K-Dense-AI/claude-scientific-skills查看
DO
写作与投稿
doc-coauthoring
doc-coauthoring：指引 users through structured workflow ，用于 co-authoring documentation。 This workflow helps users efficient…
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
PA
paper-polish-workflow：Systematic top-down workflow ，用于 polishing academic papers。 Structure to logic to expression ，支持 u…
Lylll9436/Paper-Polish-Workflow-skill查看