BI
bio-chipseq-visualization：可视化 ChIP-seq data ，使用 deepTools，Gviz，、 ChIPseeker。 创建 heatmaps，profile plots，、 genome browser…
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
数据与复现
SP
spatial-communication
维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日
spatial-communication。
原始来源
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills
https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/spatial-communication
- 维护者
- FreedomIntelligence
- 许可
- MIT
- 最近更新
- 2026年4月1日
技能摘要
来自 SKILL.md 的关键信息
核心说明
- 分析 ligand-receptor interactions 、 cell-cell communication in spatial data。
- adata = sc.read_h5ad('clustered_spatial.h5ad')。
原始文档
SKILL.md 摘录
Build spatial neighbors if not already done
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type='generic', n_neighs=6)
Run ligand-receptor analysis
sq.gr.ligrec( adata, cluster_key='cell_type', # Column with cell type annotations n_perms=100, # Permutations for significance testing threshold=0.01, # P-value threshold copy=False, )
Get results dictionary
ligrec_results = adata.uns['cell_type_ligrec']
适用场景
- Use spatial-communication to prepare 论文级图表。
- Apply spatial-communication when results need clear visual communication。
不适用场景
- Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。
上游相关技能
- spatial-neighbors - Build spatial graphs (prerequisite)
- spatial-domains - Identify cell types for communication analysis
- pathway-analysis - Enrich communication genes for pathways
- single-cell/markers-annotation - Annotate cell types
相关技能
相关技能
BI
bio-consensus-sequences：生成 consensus FASTA sequences by applying VCF variants to reference ，使用 bcftools consensus。 适合在cr…
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
bio-copy-number-cnv-visualization：可视化 copy number profiles，segments，、 compare across samples。 创建 publication-quality plo…
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看
bio-data-visualization-circos-plots：Circular genome visualization ，支持 Circos 或 pycirclize。
FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills查看