数据与复现生物信息与基因组学FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现
VC

vcf-basics

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

vcf-basics.

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验vcf-basicsopenclaw medical skillsadditional scientific toolsvcf

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/vcf-basics

维护者
FreedomIntelligence
许可
MIT
最近更新
2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

  • View 、 query variant files ,使用 bcftools 、 cyvcf2。
  • bcftools index -t input.vcf.gz。

原始文档

SKILL.md 摘录

Format Overview

FormatDescriptionUse Case
VCFText format, human-readableDebugging, small files
VCF.gzCompressed VCF (bgzip)Standard distribution
BCFBinary VCFFast processing, large files

Header Lines (##)

  • ##fileformat - VCF version
  • ##INFO - INFO field definitions
  • ##FORMAT - FORMAT field definitions
  • ##FILTER - Filter definitions
  • ##contig - Reference contigs
  • ##reference - Reference genome

Column Header (#CHROM)

Fixed columns: CHROM, POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER, INFO, FORMAT Followed by sample columns

适用场景

  • Use vcf-basics ,用于 genomics 、 bioinformatics workflows。
  • Apply vcf-basics to sequencing,variant,或 omics analysis tasks。

不适用场景

  • Do not rely on this catalog entry alone ,用于 installation 或 maintenance details。

上游相关技能

  • variant-calling - Generate VCF from alignments
  • filtering-best-practices - Filter variants by quality/criteria
  • vcf-manipulation - Merge, concat, intersect VCFs
  • alignment-files/pileup-generation - Generate pileup for calling

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