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数据与复现统计与数据分析FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills数据与复现
VC

vcf-statistics

维护者 FreedomIntelligence · 最近更新 2026年4月1日

vcf-statistics。

OpenClawNanoClaw分析处理复现实验vcf-statisticsopenclaw medical skillsadditional scientific toolsvcf

原始来源

FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills

https://github.com/FreedomIntelligence/OpenClaw-Medical-Skills/tree/main/skills/vcf-statistics

维护者
FreedomIntelligence
许可
MIT
最近更新
2026年4月1日

技能摘要

来自 SKILL.md 的关键信息

2 min

核心说明

  • 生成 statistics 、 quality metrics ，使用 bcftools。
  • bcftools view -v snps -H input.vcf.gz | wc -l。

原始文档

SKILL.md 摘录

Statistics Tools

CommandPurpose
bcftools statsComprehensive variant statistics
bcftools gtcheckSample concordance and relatedness
bcftools queryCustom summaries

View Key Metrics

Output sections:

  • SN - Summary numbers
  • TSTV - Transitions/transversions
  • SiS - Singleton stats
  • AF - Allele frequency distribution
  • QUAL - Quality distribution
  • IDD - Indel distribution
  • ST - Substitution types
  • DP - Depth distribution

Summary Numbers (SN)

Reports:

  • Number of samples
  • Number of records
  • Number of SNPs
  • Number of indels
  • Number of multiallelic sites
  • Number of multiallelic SNPs

适用场景

  • Use vcf-statistics ，用于 统计检验 、 quantitative analysis。
  • Apply vcf-statistics to research 数据集s that require rigorous inference。

不适用场景

  • Do not rely on this catalog entry alone ，用于 installation 或 maintenance details。

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